Σκοποί του Γενικού Νοσοκομείου Θήρας είναι οι εξής:

  1. Η παροχή δευτεροβάθμιας φροντίδας υγείας στον πληθυσμό ευθύνης της 2ης Υγειονομικής Περιφέρειας Πειραιώς και Αιγαίου, σε ασθενείς- επισκέπτες του νησιού και των γύρω τουριστικών περιοχών.
  2. Η ειδίκευση, η συνεχής εκπαίδευση και η επιμόρφωση ιατρών, νοσηλευτών και άλλων επαγγελματιών υγείας με την ανάπτυξη και εφαρμογή ανάλογων εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
  3. Η ανάπτυξη και προαγωγή της έρευνας στον τομέα της υγείας. Στην κατεύθυνση αυτή εφαρμόζει και αναπτύσσει ερευνητικά προγράμματα και συνεργάζεται με άλλους συναφείς φορείς, καθώς και διεθνείς οργανισμούς, επιστημονικά και ερευνητικά κέντρα.
  4. Η συνεργασία με τα νοσηλευτικά ιδρύματα και άλλες μονάδες υγείας της παρούσας υγειονομικής περιφέρειας  ή τρίτων για την ανάπτυξη και αναβάθμιση  συνολικά της παρεχόμενης φροντίδας υγείας και ειδικότερα σε ότι αφορά στην εφαρμογή εκπαιδευτικών προγραμμάτων μελέτης και αξιολόγησης θεμάτων, που αφορά το χώρο της υγείας.
  5. Εφαρμογή νέων μεθόδων και μορφών περίθαλψης  με στόχο την αποτελεσματική προώθηση της υγείας των πολιτών.
  6. Παροχή υπηρεσιών υγείας στο πλαίσιο προώθησης του ιατρικού τουρισμού.
  7. Η ανάπτυξη διαδικασιών που διευκολύνουν τους στόχους που τίθεται από το Υπουργείο Υγείας και Την Ανώνυμη Εταιρεία Μονάδων Υγείας.